Se denomina Cuenca Hidrográfica a toda el área de influencia de un río y sus antecedentes o todo el territorio cuyas aguas fluyen hacia un mismo cuerpo de agua. Las Cuencas Hidrográficas constituyen una unidad integrada de estudio y planificación hidrológica y de recursos naturales.
Atendiendo a conceptos tanto técnicos como económicos, en la República Dominicana se han priorizado algunas cuencas y sub-cuencas hidrográficas para el manejo integral de sus recursos naturales y ambientales, y así garantizar su sostenibilidad socioeconómica y ambiental.
Las cuencas identificadas como prioritarias son las de los ríos Yaque del Norte, Yaque del Sur, Yuna, Nizao, Ozono, Las Cuevas, Artibonito, Higuamo, Moguoco, Haina, Ocoa y Nigua; que engloban una población por encima de los 5 millones de habitantes y poseen un total de 14 presas (de las cuales 6 son hidroeléctricas) y 88 acueductos. En sus territorios se encuentran 50 áreas protegidas incluyendo parques nacionales, reservas científicas, áreas de recreación, cinturones verdes, refugios de vida silvestre y reservas forestales y biológicas, entre otros.
El río Nizao nace en la Cordillera Central a una altura de 2560 m sobre el nivel del mar con una longitud de 118 km. Su cuenca cubre un área de 974 km2 aproximadamente. Las aguas de la cuenca Nizao son utilizadas para riego de cultivos agrícolas, para el consumo humano y generación de energía. Es la única cuenca de la República Dominicana con cuatro presas: Jigüey, Aguacate, Voldesia y Los Boríos.
La cuenca del río Haina tiene una superficie de 562 km2. Nace al sur de la Cordillera Central en la Loma Zumbador al noroeste de Villa Altagracia. Desde su nacimiento hasta la desembocadura, tiene un recorrido de 78.65 km. La mayor parte de su recorrido transcurre en la Provincia San Cristóbal. El Haina es una de las principales fuentes de agua para el Gran Santo Domingo con sus tomos de agua en la cuenca alta y Manoguayabo.
- Cuenca del Río Las Cuevas.
El río Las Cuevas es un afluente del Yaque del Sur y forma parte de la frontera con la provincia de La Vega. Sus afluentes principales son: Arroyo Guayabal, Arroyo Yayas y Arroyo Ocoa. Las Cuevas ha sido una de las fuentes principales para la agricultura por ser un río caudaloso que hace crecidas rápidas. Su corriente es viva y posee un cauce con gran cantidad de piedras lo que lo hace sumamente peligroso.
El río Ocoa nace en la Cordillera Central a 216 m de elevación con un recorrido de 65 km hasta el mar. El área de la cuenca es de unos 621 km2. Su curso bajo transcurre por un cauce ancho y pedregoso, frecuentemente seco, característico de los ríos de montañas en regiones áridas. A orillas de este río tuvo lugar, los días 21 y 22 de abril de 1849, la Batalla de Las Carreras, durante la tercera campaña de la Guerra Dominico-Haitiana.
El río Nigua es una de los ríos de la vertiente sur de la República Dominicana. Su cuenca posee una extensión geográfica de 215 km2, en donde las aguas de lluvias superficiales, subterráneas y de escorrentía son recogidas por un cauce hídrico principal desde donde nace La Cuchilla de la Guardia (Mano Matuey) hasta su desembocadura en la Playa Boca de Nigua, Mar Caribe, Provincia San Cristóbal.
El río Ozama nace en la Loma Siete Cabezas, en la Sierra de Yamasá. Por su profundidad, es considerado el cuarto río más importante del país. Su cuenca abarca 2686 km2 y recorre 148 km. Desemboca en el mar Caribe, en la ciudad de Santo Domingo. El río Ozama es uno de los más caudalosos de país pero también uno de lo más contaminados. Sus principales afluentes son Isabela, Yabacao, Guanuma, Higüero, Savita y Boyo.
- Cuenca del Río Yaque del Norte.
El Yaque del Norte es el principal río de la República Dominicana. Tiene su nacimiento en la Cordillera Central a unos 2580 m de altitud en la Loma La Rusilla, recorre 296 km hasta su desembocadura en Monte Cristi, entre los que se pueden mencionar las ciudades de Jarabacoa, Santiago de los Caballeros y Mao, entre otras.
- Cuenca del Río Yaque del Sur.
La cuenca del Yaque del Sur es la tercera en importancia de la República Dominicana, tanto en tamaño como en los caudales aportados. Cubre un área de 4972 km2 y está ubicada en el suroeste del país, limitada por la Cordillera Central al Norte; el Mar Caribe, la Sierra de Martín García, la Sierra de Neiba al Este; y la frontera con Haití al Oeste. Cuenta con la presa de Sabaneta, que regula y aprovecha las aguas del río San Juan; y la de Sabana Yegua.
El río Higuamo nace al nordeste de Sabana Grande de Boyá, en la Provincia de Monte Plata, alimentado por las aguas que caen sobre la Cordillera Oriental. Define la más extensa cuenca de la región y la sexta del país con 1182 km2 aproximadamente. Desemboca en el sur de San Pedro de Macorís. Tiene un caudal promedio estimado de 12.92 m3 por segundo y una longitud de 72.5 km. Está bordeada por 103 hectáreas de manglares.
El río Maguaca se encuentra situado en Monte Cristi, a una altitud de 22 m sobre el nivel del mar. Se conoce también como La Isleta o Las Isletas. El Río Maguaca solía ser la principal fuente de agua potable de los moradores de Las Matas de Santa Cruz pero, en los últimos años, ese uso se ha visto mermado debido a la gran contaminación que se ha asentado en el río. Tiene dos afluentes importantes: Arroyo Aminillo y Río Maimón.
- Cuenca del Río Artibonito.
Nace en el pico Nalga de Maco y tiene una extensión de 9013 km2. Corre primero hacia el Sur y luego se desvía hacia el Oeste. Desemboca en el golfo de Leogane en Haití. El río Artibonito forma el mayor sistema fluvial de la isla La Española, sin embargo, sólo la cuenca superior está situada en la República Dominicana. La parte norte de la misma abarca una sección de la Cordillera Central ubicada en una zona montañosa y muy entrecortada.
El Río Yuna es uno de los más importantes de la República Dominicana. Nace en el corazón de la Cordillera Central en la Loma del Castilllo, tiene un recorrido de 350 km y una cuenca de 5630 km2 limitada por las Cordilleras Central y Septentrional y la Sierra de Yamasá. Descarga sus aguas por dos canales que van a la Bahía de Samaná y la Bahía Escocesa. La cuenca del Yuna cuenta con 8 presas, destacándose las de Hatillo y Río Blanco.
